Първоначално манастирът се е намирал на 2 км. северно от сегашния в местността Малкия Св. Архангел. През 14 век Дряновският манастир е бил едно от главните средища на исихазма и е давал подслон на множество монаси. В началото на на 15-ти век манастирът бива разрушен от османските нашественици. В последствие е бил възобновен на ново място, в местността, известна днес под името Голям Св. Архангел, но участта и на тази обител е същата. В сегашният си вид Дряновския манастир е изграден към края на 17-ти век. Съборната църква е била еднокорабна и полувкопана в земята и се намирала непосредствено до днешната, а освен нея имало и втори храм. Обновяването е започнало по времето на игумен Рафаил през 40-те години на 19-ти в. Издигнати са жилищните постройки откъм реката, а в 1845 г. е завършен и новия храм.
Дряновските монаси активно са участвали в революционните борби за освобождение от турско иго. В Дряновският манастир се намирала една от главните квартири на БЦРК в Търново и в него убежище често са намирали Васил Иванов Кунчев-Левски, отец Матей Преображенски-Миткалото, Георги Измирлиев и други революционери. В манастира бил създаден революционен комитет. По време на Априлското въстание от 1876 г тук идват и се укрепват 200 четници от Търновски, ръководени от Цанко Дюстабанов, поп Харитон, Бачо Киро, Петър Пармаков. Знаменосец на четата бил Димитър Русчуклийчето. На 30 април въстаниците били обкръжени от редовна турска войска, башибозуци и черкезки орди. След тежки седемдневни боеве от Шумен пристигнал Фазлъ паша с модерни германски оръдия. Над 8 хиляди турци щурмували защитниците на манастира. Той бил опожарен и разрушен.На 8 май, когато необичайно за времето си паднал сняг, разрушеният манастир бил превзет от турците. Над 70 души били били убити на място. Изгоряла и старата манастирска библиотека. Загинали водачите на четниците. Бачо Киро бил обесен в Търново. Дряновският манастир отново бива опожарен, като сравнително непокътната остава единствено църквата. Последното засега основно възстановяване е извършено скоро след Освобождението. Построени са ново крило към комплекса и паметник-музей. През 1925-та г. е издигната и камбанарията.