Основан в 1083 г. от грузинеца Григорий Бакуриани (Пакуриан) — велик доместик на западните войски на византийския император Алекси I Комнин, манастирът се развива първоначално като център на грузинското монашество. Към края на XI в. в него се оформя книжовна школа, известна в изворите като Петрицонска — название, произхождащо от първоначалното име на съседната крепост Петрич. Чрез преводаческата дейност на работещите в манастира книжовници, сред които е и известният ученик на Йоан Итал грузинският философ-неоплатоник Йоан Петрици (около 1050 - 1130 г.), се осъществяват връзките на средновековна Грузия с Византия. Манастирът е запазил икона, подарена в 1311 г. от грузинците Атанасий и Окропир.

През 1344 г. Станимашка област заедно с манастира е отстъпена на българския цар Иван-Александър от византийската императрица Анна Савойска срещу обещана помощ в борбата против Йоан Кантакузин. В продължение на около двадесет години културният живот в манастира преживява подем и се ползува от покровителството на цар Иван-Александър, който оставя богати дарения. По негово време са зазидани отворените аркади в горния и в долния етаж на манастирската костница. Той поръчва стенописите в новообразуваните ниши: внушителния портрет на самия цар Иван-Александър, на неговия патрон св. Йоан Богослов, на св.св. Константин и Елена, а в долния етаж - на по-старите ктитори-грузинци. По същото време вероятно е била престроявана църквата "Св. архангели", която според данни от археологически разкопки е строена преди XIII век. Храмовата икона "Събор на архангелите" е едно от добрите произведения на живописта от втората половина на XIV век.