Една от версиите за изграждането на манастира е, че то е дело на владетеля Константин Драгаш в края на XIV век. След неговата смърт в битката при Ровине през 1395 година строителството на светата обител е поето от неговата дъщеря Елена, съпруга на византийския император Мануил II Палеолог.От 1871 г. манастирът е под ведомството на Българската екзархия. След Освобождението през 1878 г. Погановският манастир е в територията на България до ноември 1920, когато по силата на Ньойския мирен договор е включен в състава на Кралството на сърби, хървати и словенци и е подчинен на Сръбската православна църква.
Една от версиите за изграждането на манастира е, че то е дело на владетеля Константин Драгаш в края на XIV век. След неговата смърт в битката при Ровине през 1395 година строителството на светата обител е поето от неговата дъщеря Елена, съпруга на византийския император Мануил II Палеолог.От 1871 г. манастирът е под ведомството на Българската екзархия. След Освобождението през 1878 г. Погановският манастир е в територията на България до ноември 1920, когато по силата на Ньойския мирен договор е включен в състава на Кралството на сърби, хървати и словенци и е подчинен на Сръбската православна църква.