Националният парк Зайон се намира в югозападната част на Юта, и на място където се пресичат 3 големи географски района: пустинята Мохаве, платото Колорадо и Големият басейн. Най-високата точка в парка е Хорс ранч Маунтейн (Horse Ranch Mountain) (2660 m), най-ниската точка е при Коъл Питс Уош (Coal Pits Wash) (1500 m). В района тече Върджийн ривър (Virgin River, Девствената река), която се влива в езерото Мийд.

Геологията на Зайон включва девет известни формации, ясно изразени и очертани, които са натрупани следствие на 150 милиона години история, предимно от мезозойската ера. Седиментите са отложени от топли плитки морета, бързеи, езера и пустини. Издигането на платото Колорадо излага тези формации на ерозия от реки и потоци. Доста по-късно, лава покрива някои райони на Зайон. Най-старите формации са изложени по крайбрежието на Върджийн ривър, а най-старите в областта на каньона Колоб (Kolob Canyons).